온라인 법인설립 시스템으로 셀프 등기하는 법 (+ 등기 후 놓치기 쉬운 것)
온라인 법인 등기, 직접 할 수 있단 사실 알고 계시죠? 상호, 자본금, 임원 구성이 정해진 1인 법인이라면 법무사 없이도 충분히 가능합니다. 설립 절차는 비교적 간편하지만, 하나라도 잘못 입력하면 등기소에서 보정 요청이 올 수 있습니다. 그럼 실수 없이 하려면 어떻게 준비해야 할까요? 이 글에서 온라인 법인설립 시스템을 이용한 셀프 등기 방법부터 등기 후 꼭 챙겨야 할 부분까지 알려드립니다.
온라인 법인설립 시스템, 셀프로 어디까지 될까요
2010년부터 시작한 온라인 법인설립 시스템(이하 법인설립 시스템)은 과거 30개 이상의 구비서류 작성과 7개 기관 방문이 필요하던 법인설립 업무를 한 곳에서 처리할 수 있도록 연계한 정부 시스템입니다.
대상: 주식회사, 유한회사, 유한책임회사, 합명회사, 합자회사 자본금: 10억 원 미만 (주식회사 발기설립 기준) 비용: 무료
신청 절차는 시스템이 안내해 주지만, 어떤 구조로 법인을 세울지는 신청자가 직접 결정해야 합니다. 아래 표에서 확인해 보세요.
| 단계 | ⌨️ 온라인 시스템이 해주는 것 | ✍🏻 직접 결정해야 하는 항목 |
|---|---|---|
| 준비 | 상호 검색, 기본정보 입력, 표준서식 작성 | 사업목적, 자본금, 주주와 임원 구성 결정 |
| 등기 | 등록면허세 신고와 납부, 전자서명, 등기 접수 | 특수 정관, 종류주식, 투자계약 반영 |
| 설립 후 | 사업자등록, 4대사회보험 신고 연계 | 장부 작성, 부가가치세와 법인세 신고 |
| 전문가 검토 | 시스템 이용 상담 | 법률과 세무상 유불리 판단 |
아직 개인사업자와 법인 사이에서 고민하고 있다면 법인사업자 vs 개인사업자 비교 글부터 확인해 보세요.
법인설립 절차가 처음이라면, 창업진흥원의 ‘법인설립 길라잡이 서비스’를 이용해 보세요. 기본정보 입력부터 등기 접수까지 전담 상담사가 직접 도와주는 1:1 무료 서비스로, 신청 방법과 모집 일정은 온라인 법인설립 시스템 홈페이지에서 확인할 수 있습니다. 그럼 신청 전에 뭐부터 준비해야 할지 알아볼까요?
시작 전 준비물 체크리스트
주요 사항은 미리 정해두고 시작하세요. 사업목적과 자본금은 설립 후에도 변경할 수 있지만, 주주총회 결의와 정관 변경, 변경등기 등에는 추가 절차와 비용이 따릅니다.
| 준비물과 결정사항 | 준비하는 곳 | ⚠️ 주의할 점 |
|---|---|---|
| ① 공동인증서 | 은행, 인증기관 | 전자서명이 필요한 주주와 임원도 각자 준비 |
| ② 법인 상호 | 인터넷등기소에서 검색 | 같은 특별시, 광역시, 시, 군 안 동일 업종에 같은 상호가 없는지 확인. 간판과 명함 제작은 등기 뒤로 |
| ③ 본점 소재지 | 임대차계약서 등 확인 | 과밀억제권역 여부, 업종 인허가 가능 여부 확인 |
| ④ 사업목적 | 향후 사업계획 기준으로 작성 | 인허가 업종 누락 시 사업자등록에서 다시 막힐 수 있음 |
| ⑤ 자본금 | 발기인 명의 계좌에 납입 | 연계 가능한 금융기관과 증명방식 사전 확인 |
| ⑥ 주주와 임원 구성 | 주주와 협의 | 주주와 이사 역할 혼동 주의 |
| ⑦ 법인인감도장 | 도장 제작 업체 | 테두리와 글자가 뭉개지지 않아야 인감 스캔 가능 |
| ⑧ 주식 수와 1주 금액 | 직접 결정 | 자본금 ÷ 1주 금액 = 발행주식 수 일치 확인 |
| ⑨ 결산월 | 정관에 기재 | 12월 결산이 일반적이나 사업에 따라 다를 수 있음 |
이 중 가장 질문이 많은 항목은 자본금입니다. 상법상 주식회사는 최저자본금 제한이 없습니다. 다만 자본금을 낮게 정하면 임차보증금, 인건비, 장비 대금을 대표자가 개인 자금으로 충당해야 하는 상황이 반복되고, 이 금액은 가수금(법인이 대표자에게 갚아야 할 채무)으로 쌓입니다. 누적되면 결산이나 대출, 투자 검토 시 자금 내역 소명이 필요할 수 있으니, 초기 운영비를 고려해 정하세요.
*단, 인허가 업종은 개별 법령에서 요구하는 최저자본금이 있을 수 있어 사전 확인이 필요합니다.
사전 준비가 끝났다면 이제 법인설립 시스템 화면을 따라 온라인 등기 절차를 진행해 보겠습니다.
온라인 법인설립 시스템 등기, 화면 따라 4단계
법인설립 시스템에서 주식회사 발기설립은 크게 네 단계로 진행됩니다. 메뉴 명칭과 화면 구성은 개편에 따라 조금씩 달라질 수 있습니다.
1단계: 사용자 등록과 법인 구성원 가입
법인설립 시스템에 접속해 회원가입 후 ‘주식회사 발기설립’을 선택합니다. 전자서명이 필요한 주주, 이사, 감사도 모두 가입해야 합니다. 자본금 10억 원 미만이면 이사 1~2명에 감사도 생략할 수 있지만, 임원 구성에 따라 첨부서류가 달라지므로 자동 생성된 서류는 반드시 확인하세요.
법인설립 시스템에서는 동일인이라도 주주와 이사 칸에 각각 입력해야 합니다. 주주는 자본금을 출자해 주식을 가진 사람, 이사는 회사 업무를 결정하고 집행하는 사람으로 역할이 다르기 때문입니다.
2단계: 법인 기본정보와 설립서류 작성
기본정보를 입력할 때 아래 내용을 특히 주의하세요.
- 사업목적은 ‘사업자등록’까지 고려해야 합니다 사업목적은 회사가 수행할 업무 범위를 적는 항목으로, 사업자등록 시 업종과 연결됩니다. 실제 할 사업을 기준으로만 작성하세요.
- 자본금과 주식 수가 일치해야 합니다 자본금 ÷ 1주당 액면 금액 = 발행주식 수입니다. 예를 들어 자본금 1,000만 원에 1주당 액면 금액 1,000원이면 발행주식은 10,000주여야 합니다.
입력을 마치면 표준서류(정관, 주식인수증, 취임승낙서, 발기인회의사록)가 자동 생성됩니다. 표준서류라도 회사 구성과 운영 방식에 맞는지 검토하고, 의미를 모르는 정관 조항은 임의로 수정하지 말고 내용을 파악한 뒤 판단하세요. 처음부터 정관에 반영해 두면 좋은 조항은 회사 설립 시 정관 작성 글에서 확인할 수 있습니다.
3단계: 자본금 증명과 등록면허세 납부
발기인 명의 계좌에 자본금 납입 후 잔액증명서를 발급받습니다. 자본금 10억 원 미만이면 납입금보관증명서 대신 잔액증명서를 사용할 수 있지만, 연계 가능한 금융기관이 제한되니 이체 전에 먼저 확인하세요.
[2026년 기준 법인설립 등록면허세]
| 구분 | 일반지역 | 과밀억제권역 |
|---|---|---|
| 등록면허세 | 자본금 × 0.4%, 최소 112,500원 | 일반세율의 3배 중과 |
| 지방교육세 | 등록면허세의 20% | 중과 적용 후 등록면허세의 20% |
이후 등록면허세(등기할 때 내는 지방세)를 신고, 납부합니다. 납입 자본금의 0.4%(최소 112,500원)이며, 여기에 20%의 지방교육세가 붙습니다. 과밀억제권역은 3배 중과되지만, 산업단지는 중과 대상 지역에서 빠지고 중과 제외 업종도 있으니 주소만 보고 단정하면 안 됩니다.
(2026년 7월 시행 지방세법 제28조, 제151조 기준)
본점은 실제 사용 주소로 정하고, 중과 여부도 함께 확인하세요 본점과 실제 사업장 주소가 다르면 사업자등록, 인허가, 계약서 작성, 우편물 수령 과정에서 추가 확인이 필요할 수 있습니다. 공유오피스나 자택을 본점으로 정할 때는 임대차계약 조건과 해당 업종의 인허가 가능 여부도 함께 살펴보세요.
4단계: 전자서명 후 등기신청 접수
모든 서류 작성이 끝나면 주주와 임원이 공동인증서로 전자서명합니다. 법인인감 이미지를 등록하고 등록면허세 납부정보와 등기신청서를 확인한 뒤 인터넷등기소로 전송합니다.
전자서명 후 내용을 수정하면 서명을 처음부터 다시 받아야 합니다. 숫자와 인적사항을 확정한 뒤 마지막에 서명을 요청하세요.
전자서명 전 체크 항목 상호와 주소 오탈자 / 자본금과 발행주식 수 일치 / 주주별 주식 수 합계 / 임원 정보 / 사업목적 일치 / 납부번호 반영 / 필수서류 생성 여부
접수 후 서류에 문제가 있으면 등기소에서 기한을 정해 보정명령을 보냅니다. 기한을 넘기면 신청이 각하(반려)되니 등기소 알림을 꼭 확인하세요. 등기가 완료됐다면, 이제부터가 진짜 시작입니다.
셀프로 하면 놓치기 쉬운 것, 세금과 재무
설립등기가 끝나도 사업자등록, 4대사회보험, 세금 신고 의무가 남아 있습니다. 신고기한은 등기일이 아니라 사업 개시일, 직원 채용일, 과세기간, 사업연도 기준으로 각각 다릅니다.
법인 사업자등록
사업자등록은 설립등기와 별개로, 법인이 국세청에 납세자로 등록하는 절차입니다. 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 신청해야 하며, 사업을 시작하기 전에도 미리 신청할 수 있습니다.
기한 내 등록하지 않으면 사업 개시일부터 등록 신청 전날까지의 공급가액 합계에 1%의 가산세가 부과될 수 있고, 등록 전 발생한 비용의 매입세액 공제도 제한될 수 있습니다. 인테리어나 장비 구입처럼 초기 지출이 큰 경우에는 사업자등록 시기와 증빙 발급 요건을 미리 확인하세요. 설립 전에 쓴 비용을 처리하는 기준은 법인 설립 전 비용의 회계 및 세무처리 글에 정리돼 있습니다.
필요 서류: 법인등기사항증명서, 정관, 주주명부, 법인인감증명서, 임대차계약서, 대표자 신분증, 인허가 업종 허가 및 등록 서류
직원이 있다면 4대사회보험 신고
직원을 채용했다면 사업장 성립신고와 근로자 자격취득 신고가 필요합니다. 법인설립 시스템에서 연계 신고할 수 있지만 자동 처리는 아니므로 직접 제출해야 합니다. 가입 여부는 근로시간, 고용기간, 근로일수, 보수 등에 따라 달라지므로, 보험별 적용 대상과 신고기한을 확인한 뒤 신고하세요. 대표만 있는 법인도 대표가 보수를 받는다면 국민연금과 건강보험은 직장가입 대상이 될 수 있습니다.
부가가치세와 법인세 신고
법인사업자는 부가가치세와 법인세를 별도로 신고해야 합니다. 부가가치세는 일반적으로 연 4회 신고하지만, 직전 과세기간 공급가액이 1억 5천만 원 미만인 법인은 예정신고 대신 예정고지 방식이 적용됩니다. 고지될 금액이 50만 원 미만이면 고지 자체가 생략되니, 첫 예정고지서가 오지 않았다고 놀라지 않으셔도 됩니다. 법인세는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고하며, 12월 결산법인은 다음 해 3월 31일까지입니다.
*단, 그 해 신규 설립한 법인은 비교할 직전 과세기간이 없어 예정신고 대상입니다
(2026년 기준 부가가치세법 제8조, 제48조, 제60조와 법인세법 제60조)
등기 다음 고비는 첫해 장부입니다
사업자등록과 4대사회보험, 부가가치세와 법인세 신고까지는 기한을 지키는 일입니다. 그런데 이 신고들의 재료가 되는 장부는 기한이 아니라 구조의 문제입니다. 셀프로 설립한 대표는 장부도 일단 최소한으로만 맡겨 두는 경우가 많고, 신고가 밀리지 않으니 문제가 없다고 느끼기 쉽습니다. 하지만 그 차이는 당장이 아니라 몇 년 뒤에 드러납니다.
실제 사례: 외부 기장에만 맡겨 두었던 I사의 재무 진단
마일스톤이 재무와 세무 구조를 진단한 IT 서비스 스타트업 I사가 그랬습니다. 설립 후 외부 기장에 맡겨 온 I사는 신고 오류가 없었는데도, 매출이 계약 기간과 무관하게 세금계산서 발행 시점에 한 번에 인식되고 있어 구독형 매출로 확장하면 재무제표가 왜곡될 수 있는 구조였고, 연차수당처럼 이미 발생한 부채가 결산에서 빠져 있었습니다. 과거 사업연도에 통합고용세액공제가 적용되지 않은 사실도 확인돼 경정청구를 통한 환급 가능성과 절차까지 안내했습니다.
설립 초기에 잡은 장부 구조는 이렇게 몇 년 뒤의 투자 유치와 세금까지 이어집니다. 구체적인 진단 과정은 I사 재무진단 및 회계, 세무 구조 검토 사례에서 확인할 수 있습니다.
회계법인 마일스톤 한마디
온라인 법인설립 시스템이 대신해 주는 일은 등기까지입니다. 등기 다음에 오는 사업자등록과 세금 신고, 첫해 장부는 시스템이 아니라 대표의 몫입니다. 그 부담을 줄이는 가장 확실한 방법이 등기 전에 자본금, 본점 소재지, 사업목적, 결산월을 세무까지 내다보고 정해 두는 것입니다.
등기는 셀프로 하더라도 장부와 세금 신고는 법인 기장 경험이 있는 회계법인과 함께 시작하는 것이 안전합니다. 투자 유치와 정부지원금, 스톡옵션, 지분 변동이 예정된 스타트업이라면 설립 단계에서 회계와 세무 처리까지 함께 검토해야 합니다. 마일스톤은 이런 스타트업의 설립 초기부터 기장, 세무, 자문을 함께 다루는 전문 회계법인입니다.
법인 설립을 준비하면서 자본금과 결산월, 첫해 장부 구조를 어떻게 잡을지 고민된다면 사업 계획과 함께 문의해 주세요. 등기 전에 확인할 항목부터 안내하겠습니다.
