시리즈벤처스 Start-up NEST 회계·세무 교육’ 강의

작성일2026.08.31

회계법인 마일스톤의 이철민 회계사는 2026년 8월 27일, 부산 BIFC2에서 진행된 ‘신용보증기금 Start-up NEST 공통교육 및 네트워킹’에서 ‘스타트업이 알아야 할 회계·세무’를 주제로 강연을 진행했습니다.

이번 교육에는 신용보증기금 Start-up NEST 19기에 선정된 28개 기업이 참여했습니다. 이철민 회계사는 스타트업이 투자유치와 정책자금 신청, 세무 신고, 외부감사 과정에서 알아야 할 재무제표의 주요 항목부터 활용할 수 있는 세제혜택, 벤처기업 관련 세무 실무까지 폭넓게 설명했습니다. 단순한 분개나 전표 입력 방법보다는 기업의 대표와 실무자가 주요 의사결정 과정에서 확인해야 할 사항을 중심으로 강연을 구성했습니다.

스타트업 회계·세무 핵심 요약

투자 실사와 각종 심사 과정에서 반복적으로 확인되는 재무제표 항목과 스타트업이 놓치기 쉬운 세제혜택을 실제 사례와 함께 살펴봤습니다.

주요 강연 내용

① 실사와 심사에서 확인하는 재무제표

재무제표는 세금 신고에만 사용하는 자료가 아니라 투자유치, 정책자금 신청, 법인세 신고와 외부감사 등 다양한 과정에서 기업의 재무상태를 설명하는 문서입니다. 자본잠식, RCPS·CB·SAFE 등 투자유치 방식에 따른 회계처리, 정부지원금, 개발비와 매출 인식 등 실사와 심사 과정에서 주로 검토되는 다섯 가지 항목을 중심으로 설명했습니다. 자본잠식은 재무상태표의 자본총계와 자본금을 비교해 판단해야 하며, 회계처리를 통해 지표를 일시적으로 개선하기보다 영업이익 실현, 유상증자, 출자전환 등 실제로 자본을 늘리는 방법을 검토해야 합니다. 또한 같은 투자금이라도 계약상 상환의무와 회계기준에 따라 자본 또는 부채로 분류될 수 있습니다. 이러한 분류는 부채비율과 자본잠식 여부에 직접적인 영향을 주기 때문에 투자계약을 체결하는 단계부터 회계처리를 함께 살펴봐야 합니다.

② 스타트업이 놓치기 쉬운 세제혜택

스타트업의 투자, 고용과 연구개발 활동은 다양한 세액감면과 세액공제의 대상이 될 수 있습니다. 창업중소기업 세액감면과 중소기업특별세액감면을 비롯해 통합투자세액공제, 통합고용세액공제, 연구·인력개발비 세액공제의 주요 구조를 소개했습니다. 세제혜택은 요건을 충족하는 것만으로 자동 적용되지 않습니다. 법인세 신고서에 관련 서식과 증빙을 갖춰 신청해야 하며, 감면과 공제를 함께 적용할 수 있는지와 최저한세 적용 여부도 확인해야 합니다. 사업장 소재지에 따라 감면율이 달라질 수 있다는 점도 주요 내용으로 다뤘습니다. 부산은 수도권 외 지역에 해당하므로 창업중소기업 세액감면과 중소기업특별세액감면을 검토할 때 소재지에 따른 혜택을 함께 확인할 필요가 있습니다.

③ 놓친 혜택을 넘기고 되돌리는 방법

현재 이익이 발생하지 않아 세액공제를 모두 활용하지 못했더라도 미공제액과 세무상 결손금을 이후 과세연도로 넘겨 사용할 수 있습니다. 중소기업은 요건을 충족할 경우 결손금 소급공제를 통해 직전 사업연도에 납부한 세금을 환급받는 방법도 검토할 수 있습니다. 이미 신고를 마친 뒤 세액감면이나 공제를 누락한 사실을 발견했다면 경정청구를 통해 과거 신고 내용을 다시 확인할 수 있습니다. 세제혜택을 단순히 알고 있는 것과 실제 신고서에 반영하는 것은 다르기 때문에, 법인세 신고 전 적용 가능한 항목과 준비해야 할 증빙을 미리 점검해야 합니다.

④ 벤처기업 확인과 주요 세무 실무

벤처기업 확인 시점은 창업벤처중소기업 세액감면과 스톡옵션 세제특례 적용에 영향을 줄 수 있어 기업의 성장 단계에 맞춘 사전 검토가 필요합니다. 스톡옵션의 부여·행사·양도 단계별 과세 구조와 정부출연금의 과세이연을 비롯해 가지급금, 기업업무추진비, 업무용 승용차, 원천징수와 부가가치세 등 스타트업이 자주 접하는 세무 이슈를 다뤘습니다. 특히 증빙 없이 인출된 법인 자금이나 정산되지 않은 개인카드 사용액 등이 가지급금으로 남아 있으면 세무조사와 투자 실사 과정에서 확인 대상이 될 수 있습니다. 임원 보수와 퇴직금 역시 정관과 지급 규정이 갖춰져 있어야 비용으로 인정받을 수 있다는 점을 함께 안내했습니다.

결산 전에 확인해야 할 실무 사항

법인세 신고를 앞둔 3월보다 결산이 이루어지는 12월에 다음 사항을 먼저 점검해야 한다고 강조했습니다.

가지급금 잔액과 회수 계획
세액공제에 반영되는 상시근로자 수
투자자산의 취득 시점과 자본화 여부
정부지원금과 개발비의 회계처리
원천징수와 지급명세서 제출 대상

이를 통해 결산과 신고 과정에서 급하게 자료를 정리하다가 발생하는 누락을 줄이고, 기업이 활용할 수 있는 세제혜택과 비용 인정 요건을 미리 갖출 수 있습니다.

이번 강연은 Start-up NEST 19기 기업들이 투자유치와 성장 과정에서 마주할 수 있는 회계·세무 이슈를 체계적으로 살펴보는 시간이었습니다. 재무제표의 숫자만 확인하는 데 그치지 않고, 각 숫자가 어떤 회계정책과 거래 구조를 통해 만들어졌는지 이해하고 기업의 상황에 맞는 세제혜택을 실제 신고에 반영하는 방법을 확인할 수 있도록 구성되었습니다.

회계법인 마일스톤은 앞으로도 스타트업의 성장 단계에 필요한 회계·세무 전문성을 바탕으로 다양한 교육과 자문을 제공하며 기업의 안정적인 성장과 합리적인 의사결정을 지원해 나갈 예정입니다.