계열사의 업무를 겸임하고 있는 직원의 급여를 한 회사에서 지급하고 있는데, 문제 없을까요?

다른 법인과 공동으로 지출한 비용은 각 법인이 공동으로 부담해야 합니다. 특정 직원이 여러 회사의 업무를 동시에 수행하나, 한 법인에서 모든 급여를 부담할 경우 해당 직원의 급여는 업무를 제공하는 여러 회사에서 공동으로 부담해야 합니다.

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특히, 각 법인이 계열사로서 특수관계에 해당하는 경우에는 매출액 혹은 총자산가액 비중에 따라 안분해야 하며, 안분 기준은 직접 사업연도 혹은 해당 사업연도 중에 선택할 수 있습니다. 다만, 한 번 선택한 방법은 5년간 사용해야 하며, 각 법인 중 안분 기준을 초과하여 부담한 비용은 비용으로 인정받지 못하고 손금불산입되어 추가적인 세금 부담이 발생할 수 있습니다. 반대로 안분 기준보다 적게 부담한 비용은 부당행위계산부인에 해당하여, 미달 금액만큼 익금산입되어 법인세가 추가 발생합니다.

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법인세법시행령 제48조 공동경비의 손금불산입

①법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직, 자산, 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율
2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직, 자산, 사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

가. 비출자공동사업자 사이에 제2조제8항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비, 공동구매비, 자산의 공동경비 등 재정경제부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원 수, 구매금액, 해당 자산의 소유지분ㆍ사용횟수 등 재정경제부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.