법인간 사업의 포괄양수를 할 때 세무상 어떤 주의점이 있을까요?

1. 여러 사업 중 하나의 사업부문에 대하여 부가가치세법상 포괄양수가 가능할까요?

부가가치세법 제10조에 따라 부가세 과세 대상이 아닌 사업의 포괄양수도에 해당하는지 여부는 사업장별로 판단합니다. 따라서 포괄양수도하고자 하는 사업부문이 별도 사업장에 해당하고, 그 사업장에서 해당 사업만을 수행할 경우 부가가치세 과세대상에 해당하지 않습니다.

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다만, 양수도 대상 사업을 수행하는 사업장에서 그 외 사업을 영위하고 있다면 부가가치세 과세대상에 해당합니다. 또한, 과세 대상이 아닌 포괄양수도에 해당한다 판단되더라도, 포괄양수도에 해당하는지에 대한 사실판단이 애매하여 이슈가 발생하는 사례가 많으므로 가능하면 부가가치세 대리납부제도를 활용하여 리스크를 줄이는 것이 좋은 점 참고해 주세요.

2. 기타 부가가치세 외에 세금 신고 관련 건이 있을까요?

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사업의 양도 시 부가가치세 납세의무 외에 추가적으로 지방세법 제7조에 의거, 취득세 납세의무가 있습니다. 양수대상자산 중 부동산(건물 및 토지), 차량, 기계장비, 및 회원권 등이 있다면 취득세 과세대상에 해당되므로, 사업 양수 시 관련 대상자산을 확인하는 절차가 필요합니다.

부가세법 제10조 【재화 공급의 특례】
⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. (2017. 12. 19. 항번개정
재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것 (2013. 6. 7. 개정)
사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. (2014. 1. 1. 단서신설)

부가세법시행령 제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】
①법 제10조 제9항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. <개정 2014. 2. 21., 2018. 2. 13., 2025. 12. 30.>
미수금에 관한 것 (2013. 6. 28. 개정)
미지급금에 관한 것 (2013. 6. 28. 개정)
해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 (2013. 6. 28. 개정)

서면-2019-부가-0015, 2020.03.13
사실관계 질의법인은 제조업을 영위하는 사업자로 본점, 지점, 공장 등의 사업장을 운영하고 있음. 공장에 두 개의 사업부문이 존재하고 있으며, 이 중 하나의 사업부문을 양도하려고 함.
질의내용 하나의 사업장에서 두 개의 사업부문 중 하나의 사업부문의 자산ㆍ부채 등의 양도가 사업의 포괄적 양도에 해당하는지 여부
회신 하나의 사업장에서 제조업을 영위하는 사업자가 해당 사업장의 두 개의 사업부문 중 하나의 사업부문에 대한 자산ㆍ부채 등을 양도하는 경우 「부가가치세법」 제10조제9항제2호에 따른 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당되지 아니하는 것

지방세법 제7조 【납세의무자 등】
① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

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